Число членов Ордена возрастало, для поддержания идеала бедности требовались изменения в организации. С этой целью в 1221 году в Порциунколе был созван капитул, вошедший в историю как Собор (Капитул) соломенных хижин (рогожек), так как братья, разделенные на группы по провинциям, из которых они пришли, расположились под навесами из плетеной соломы. Их было свыше 5000 человек, помимо 500 кандидатов на вступление в Орден. Из соседних селений люди разных сословий и занятий сходились посмотреть на такое собрание святых. Кардинал-диакон, выражая общее впечатление, сказал: «Поистине, на этом поле расположилось войско Божьих рыцарей».

В 1221 Франциск составил новое правило (Устав) для Братьев Меньших. Но оно было утрачено, поэтому Франциск, возвратясь в Фонте Коломбо, переписал Правило. В этой форме Правило было одобрено Папой Римским Гонорием III 29 ноября 1223 года.

В начале августа 1224 года Франциск с тремя братьями отправился на гору Верну, на сорок дней для подготовки к дню архангела Михаила, которого очень почитал. Погрузившись в молитву он просил Господа: «Господи Иисусе, две милости Твоих пошли мне, молю, прежде чем я умру: первая милость – чтобы при жизни моей я испытал в душе моей и плоти, насколько это возможно, то страдание, что Ты, любимый Иисусе, принял в час горчайших Твоих Страстей. Вторая же милость – чтобы я, насколько возможно это, ощутил в сердце моем ту любовь, превосходящую всякую меру, которая Тебя, Сын Божий, побудила принять такую муку ради нас, грешных». И явился ему шестикрылый сверкающий Серафим и окрестные жители видели, как вся гора загорелась ярчайшим пламенем. Видение продолжалось долго, потом исчезло. Святой ощутил невыразимую боль, про­низывающую все тело. После исчезновения Серафима обнаружилось, что у Франциска появились кровавые раны на ладонях, ступнях и в боку. Такие же раны имел распятый Христос. Таким образом Бог выслушал моления святого.

Первым человеком, увидевшим, что произошло с Франциском, был брат Лео. Он помог ему прийти в чувство после восторга от видения, обвязал полотном раны, вытер кровь, обильно текущую из раны на боку; с этого времени стал ухаживать за Святым. Франциск очень любил брата Лео, избрал его своим исповедником и нежно называл его братом «овечка Божья». Зная, что мучит его искушение, однажды он позвал его и сказал: «Брат овечка Божия, прошу тебя, принеси мне кусок пергамента, ибо своим благословением хочу наградить тебя за добро, которое сделал мне». И собственной рукой, отмеченной стигматами, начертал следующие слова:

Да благословит тебя Господь и сохранит тебя,
да просветит лице Свое на тебя и помилует тебя.
Да воздвигнет лице Свое на тебя и даст тебе мир.
Да благословит тебя Господь, брат Лео."

Затем начертил знак Тау – символ креста.