Их первым жильем была лачуга в Ривоторто. В 1211 году благодаря великодушию бенедектинцев, живших на горе Субазио, братьям была отдана часовня Порциункола. Символической годовой платой стала корзина рыбы. Аббат Субазио давал им взамен бутыль масла.

В 1212 году Клара, дочь благородного и знатного семейства Оффредуччи, известная своей красотой, слушая проповеди Франциска, решила идти по его стопам. Однажды ночью, тайно сбежав из дома, в сопровождении своей подруги, пришла к церкви Санта Мария дельи Анджели, чтобы посвятить себя Богу. В часовне Франциск обрезал ее волосы, облек в грубую тунику. Так начал свое существование второй францисканский Орден, названный орденом Бедных Дам. Скрываясь от преследования, Клара поселилась в другом монастыре бенедектинок, на склоне Субазио – Сант Анджели ди Пансо. Две недели спустя Катерина, сестра Клары, постучала в дверь монастыря, прося о принятии в монастырь. Несмотря на побои и угрозы родственников, она приняла посвящение от Франциска, получив новое имя – Агнесса. Святой Франциск попросил у епископа Ассизи, чтобы тот предоставил церковь Сан Дамиано для приюта бедных девушек, и епископ это разрешил. Клара и Агнесса не долго были одинокими в Сан Дамиано. Вскоре к ним присоединились их подруги, Пачифика ди Гвельфуччо, Бенвенута и Филиппа. Впоследствии в Сан Дамиано пришли мать Клары и сестра ее, Беатриче, – так Господь заботливо соединил семью вокруг девы, некогда ее оставившей ради Него. Франциск восстановил жилье, примыкающее к часовне, где Клара со своими подругами затворилась и начала жизнь, полностью посвященную покаянию.

В 1213 Франциску была подарена гора Верна графом Орландо ди Кьюси. Франциск просил построить для себя шалаш наверху, чтобы уединяться и, постясь, беседовать с Господом.

В 1214 году Франциск направляется в Марокко проповедовать, но болезнь настигла его в Испании, и он вынужден был вернуться в Италию. После его возвращения к нему присоединяется еще несколько людей, включая Фому Челанского, его будущего биографа.

Однажды ночью в Порциунколе во время молитвы Франциску явились Иисус Христос и Дева Мария. Они сказали, чтобы он просил о благодати, которая более всего ему по сердцу. Святой устремил взор на Пресвятую Деву и попросил, чтобы Она Своим заступничеством выпросила у Сына отпущение наказания за грехи для тех, кто в сокрушении своем посетят Порциунколу. Христос ответил: «Благодать, о которой просишь – велика, но ты заслуживаешь большей, поэтому уделяю ее тебе. Теперь иди к Наместнику Моему на земле, пусть утвердит Мою Волю». Франциск с братом Массео немедля отправился в Перуджу, где в то время находился папа Гонорий III, и получил от него утверждение этой индульгенции.

В мае 1217 в Порциунколе Орден разделили на 2 провинции. Год 1218 был уделен Франциском для миссионерских туров в Италии, которые оказались для него триумфальными. Франциск в самом деле стал завоевателем душ. Однако многие мужчины у женщины, которые имели семьи, тоже хотели жить в соответствии с его идеалами. Святой подумал о них и в 1221 году основал Третий Францисканский Орден. Франциску удалось возвысить ценность мирян, вовлекая их в активное апостольство, при этом они не оставляли ни своих семей, ни своей работы.