После 18-ти лет упорного труда силы покидали Франциска, он стал практически слепой. Франциск нанес визит св. Кларе в часовне св.Дамиана, где он написал «Гимн солнцу». Это было в сентябре 1225 года. Зимой 1225-26 он проходил лечение в Сиене.

В апреле 1226 Франциск продиктовал свое завещание, которое он описывает как «напоминание, предупреждение и увещевание». Возвращение с Верны было изнурительным для Франциска. Путешествие продолжалось несколько недель, так как Святой очень ослаб и часто должен был останавливаться для отдыха. В июле 1226 Франциска перенесли во дворец епископа в его родном городе. Ранней осенью Франциск, чувствуя руку смерти на себе, просил, чтобы его перенесли в Порциунколу.

Последние дни святого прошли в маленькой хижине в Порциунколе, которая служила ему больницей. В то время там прибывала мадонна Якопа де Сеттесоли с ее двумя сыновьями и большой свитой, которая пожелала попрощаться с Франциском. Это было запрещено, так как женщинам запрещалось входить в мужской монастырь. Но Франциск сделал исключение. Донна Якопа де Сеттесоли заботилась о нем во время болезни и Франциск любил называть ее «братом Якопой». Накануне смерти, подражая Драгоценному Учителю, он разделил хлеб между Бернардом ди Квинтавалле, его первым последователем, Ильей, своим викарией, и другими братьями. И сказал: «Я сделал свое дело». А затем добавил: «Пусть Христос учит вас делать ваше дело». Франциск попросил, чтобы его принесли в церквушку Санта Мария дельи Анджели. Братья положили его на носилки и двинулись к Порциунколе. Придя на место, Франциск попросил раздеть его, чтобы уйти из мира нагим, таким же, каким он пришел в него. Братья положили его на землю, а потом святой начал петь псалом. Закончив последний куплет и выслушав Евангелие, Франциск покинул этот мир. Это было в субботу 3 октября 1226 года. Франциску было тогда 45 лет.

4 октября его тело в торжественной процессии было принесено в церковь св.Джорджа. Франциск был канонизирован в церкви св.Джорджа папой Георгием IX дня 16 июля 1228 года. В тот день Римским епископом был заложен первый камень базилики св. Франциска, и туда 25 мая 1230 года брат Илья тайно переместил гроб Франциска и захоронил под главным алтарем, в нижней (сейчас средней) церкви. В течение шести столетий никто не знал, где находятся останки святого. Гроб был найден 12 декабря 1818 года в результате трудных поисков, длившихся 52 ночи. С тех пор этот день почитается в Ордене, а получение стигматов на теле официально празднуется 17 сентября.

Святой всегда следовал примеру Христа. Босиком, в абсолютной бедности, он объявил господство любви. Это подражание бедности Христа было отличительной чертой призвания Франциска. Святой всегда говорил, что Евангелие обрело новую жизнь и вызывало новую любовь. Целый мир для Франциска был одной светящейся лестницей, поднимаясь по ступенькам которой он приближался к созерцанию Бога.

Любовь Франциска ко всему живому не была признаком его сентиментальности, она возникала от глубокого смысла присутствия Бога, который был в основе всего того, что он говорил и делал. Он находил во всех созданных вещах отражение Божественного совершенства, и он любил восхищаться в них красотой, силой, мудростью и точностью их Создателя. Франциск думал, что если все от одного отца, то все – настоящая семья.

Тайна Святой Евхаристии занимала главное место в жизни Франциска; он не имел ничего большего в сердце, чем то, что касалось культа Святого Причастия. Разжигать любовь к Богу и возвращать к Жизни жизнь духа в сердцах людей – такой была его миссия. И его собственный францисканский дух стал прочным источником вдохновения.

Подлинность письменных материалов и их обилие, касающихся жизни Франциска, не оставляют сомнений. Имеются собственные письма святого, которые вдыхают непринужденную любовь к Евангелию и предписывают практическую этику. В дополнении к письмам святого существуют биографические рассказы многих авторов: Фома Челанский, один из последователей Франциска; св. Бонавентура, который написал две биографии. Помимо этого существует история названная «Зеркало Совершенства», предписываемая брату Льву. Есть также важные хроники Ордена тринадцатого века, написанные Экклестоном и Бернардом Бессе, и несколько более поздних работ, таких как «Общая хроника 13 века» и «Либер де Конформитат». Именно на этих работах основаны поздние биографии жизни святого Франциска.