Время от времени Франциск все еще присоединялся к шумным пирушкам вместе с прежними друзьями, но становилось очевидным, что его сердце больше не было с ними. Тоска о жизни более глубокой овладела им. Друзья подшучивали над его рассеянностью, спрашивая, не раздумывает ли он о женитьбе. «Да,» – ответил Франциск,- «я хочу жену удивительной красоты». Она была ни кто другая, как сама Госпожа Бедность, которой он был предан и которую начал любить.

После короткого периода неуверенности он оставил веселую и расточительную жизнь. Однажды, когда он скакал верхом по равнинам Умбрии, в окрестностях Ассизи, он встретил прокаженного и, хотя тот вызывал у него отвращение, он схватил его за руку, поцеловал пальцы и отдал ему деньги. На следующий день, поборов в себе жалость и отвращение, Франциск отправился в лечебницу для прокаженных, где промывал и перевязывал язвы больным, смиренно ухаживал за ними и одарил каждого монеткой и поцелуем.

Где-то в то же время он совершил паломничество в Рим, отправляясь за великой индульгенцией тем, кто посетит могилу апостола Петра. Там, пожертвовав все деньги, что у него были, он предложил нищему обменяться одеждами. Так Франциск, человек опрятный и изнеженный, надел нищенский плащ с капюшоном, изорванный и залатанный. Сняв свой красивый камзол, он вместе с ордой нищих просил подаяние у входа в базилику. Так он приобрел первый опыт нищеты, богатый юноша из Ассизи, всегда подававший милостыню, но никогда ее не просивший – протянул руку прохожим.

После его возвращения в Ассизи, Франциск молился перед древним распятием в часовне св. Дамиана и в полнейшей тишине услышал голос: «Франциск, иди, почини дом Мой, ты видишь – он весь разрушен». Приняв эту волю дословно, Франциск пошел в магазин своего отца и, взяв коня и ткань, устремился в Фолиньо. Там, на рынке, продав ткань и коня, вырученные деньги отдал для восстановления часовни Сан Дамиано. Бедный священник этой церкви, зная хорошо отца Франциска, вспыльчивого и скупого человека, отказался от золота. И действительно, старший Бернардоне, узнав о выходке сына, разъярился. Вооружившись дубиной и прихватив с собой друзей и родственников, отец направился в Сан Дамиано. Но, поискав везде, и не найдя Франциска, он забрал отданные священником деньги, и вернулся в Ассизи. Франциск в течение целого месяца скрывался от гнева отца в пещере около часовни св. Дамиана.

Когда он возвратился в город, изнуренный голодом, весь в грязи, его забрасывали камнями и грязью, дразня сумасшедшим. Когда Пьетро Бернардоне узнал, что толпа потешается над Франциском, его взбесило, что из-за сына потешаются над ним и над его домом. Осыпая тумаками, он втащил его, побитого и покалеченного, в дом, и запер в коморке. Немало дней он просидел на хлебе и воде, в кладовой для угля, пока его отец не отлучился по делам. Потрясенная до глубины души, мать освободила его. Франциск возвратился в часовню св. Дамиана, где он нашел защиту у старого священника, но вскоре он был вызван на суд к городскому консулу его отцом. Франциск объявил, что он вступил на служение к Богу, и таким образом больше не пребывает под гражданской юрисдикцией. Тогда Пьетро Бенардоне обратился с жалобой к епископу Гвидо. Гвидо хорошо знал Франциска и решил его защищать.

Апрельским утром, в 1207 году, перед толпой любопытных жителей Ассизи, Франциск снял с себя одежду, и отдав ее своему отцу, сказал «До сего дня я называл вас своим отцом на земле, теперь я обрел право сказать: Отче наш – сущий на небесах!» Франциск блуждал по холмам в округе Ассизи, напевая, импровизируя гимны похвалы.